Marta Kratochvílová studovala hru na flétnu na Konzervatoři v Pardubicích a poté na JAMU v Brně. V roce 2000 zahájila studium ve Francii na Conservatoire National de Région de Strasbourg, kde se specializovala na moderní a historické příčné flétny a komorní hudbu. Zúčastnila se mistrovských kursů a stáží vedených významnými osobnostmi jako Paul McCreesh, Barthold Kuijken, Jan-Latham Koenig, Sir Neville Marriner. Ve Francii až do roku 2010 intenzivně působila jako hráčka na barokní a renesanční příčnou flétnu v souborech Le Parlement de Musique, Bohemia duo, se souborem NotaBene. V rámci renesančních workshopů (Ferrara, Mnichov, Stuttgart, Basilej) pravidelně účinkovala s Consortem renesančních fléten ze Strasbourgu.
V současnosti žije v ČR a pravidelně koncertuje po celé Evropě. Realizuje především komorní a sólové projekty s umělci jako Aline Zylberajch, Christophe Coin, Jan Čižmář, Karel Fleischlinger, Marian Friedl, Martin Gester, Joel Frederiksen, Joachim Held, Martin Jakubíček, Petr Kolař, Ján Krigovský, Bettina Pahn, Marcin Świątkiewicz, Marc Vonau, Petr Wagner, či se soubory {oh!} Orkiestra Historyczna, Musica Poetica, RukyNaDudy nebo Plaisirs de Musique, jehož je zakládající členkou. Je také vedoucí consortu renesančních příčných fléten Tourdion. Účastní se projektů Misterios del Amor a Telemannia.
Jako pedagožka s dlouholetými zkušenostmi bývá zvána do porot soutěží i k prezentacím a masterclass po celé Evropě. Vyučuje soukromě hru a dobovou interpretaci na barokní a renesanční traverso. Působí také na ZUŠ Varhanické v Brně (moderní a historické příčné a zobcové fletny).